Con il comando select protein selezioniamo tutte le proteine, e con cartoons le mettiamo in evidenza: . Queste proteine sostengono le molecole di pigmenti del fotosistema, e se evidenziate gli aminoacidi da cui sono composte, vi accorgete che si tratta quasi completamente di residui idrofobici: infatti la struttura è immersa nella membrana .

Forse avete osservato nella struttura, oltre alla proteina, alcune molecole disegnate in wireframe: sono i pigmenti: .
Adesso prendiamo questi in esame da vicino, e lasciamo perdere le proteine che li coordinano:

In ogni RC vi sono due bracci simmetrici:
I pigmenti antenna catturano l'energia luminosa e la convogliano al RC in pacchetti chiamati eccitoni, uno stato elettronico a singoletto che viene trasferito con grande efficenza; il processo fotosintetico ha inizio quando questi vengono trasferiti alle batterioclorofille a in alto, chiamate la coppia speciale: ; questo passaggio eccita le molecole di batterioclorofilla convertendole in forti donatori di elettroni, con un potenziale di riduzione molto basso, da +0.5 V a circa 1.0 V.
Le due batterioclorofille della coppia speciale sono sostenute da altre due bclorofille, chiamate pigmenti accessori, perchè non partecipano alla reazione:
L'eccitone viene trasferito dalle due batterioclorofille ad una delle molecole di batteriofeofitina del RC: ; questa transizione avviene molto rapidamente.
Infine l'elettrone riduce una molecola di ubichinone (), e da qui passa ad una serie di chinoni del pool di chinoni della membrana.
Il risultato netto è che una carica negativa è stata trasferita da un lato all'altro della membrana, creando così un gradiente elettrico.
L'elettrone torna poi alla stessa molecola di batterioclorofilla da cui è partito (non c'è immissione o consumo di e-: fotofosforilazione ciclica) attraverso una serie i proteine ferro-zolfo e citocromi; queste reazioni sono però più lente di quelle che avvengono nel RC, ed il risultato è che la carica negativa rimane stabile nella parte interna della membrana.

Infine torniamo un attimo sulla struttura proteica:; osservate la posizione delle batterioclorofille della coppia speciale (in rosa: ) e delle due clorofille accessorie (in viola: ).
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