Questa sezione raccoglie i miei appunti di biologia molecolare e di biochimica.
Attraverso un piccolo programmino (il plug-in chime) è possibile incorporare in una pagina html le rappresentazioni tridimensionali delle molecole, quelle che potete vedere con Rasmol e Rastop per intenderci, in una maniera molto comoda, perchè è possibile salvare le varie rappresentazioni ed associarle a dei bottoni, creare delle animazioni, etc...
Provate a vedere qualcuna di queste presentazioni: se vi sono piaciute, potreste anche provare a crearne una voi (ho messo a disposizione un piccolo modello, per quelli che non conoscono l'html) e se me la spedite, la pubblicherò.
Prima o poi mi piacerebbe dare la possibilità di modificare queste presentazioni direttamente dal sito, in un modo simile a quello che succede nei siti wiki, così da dare la possibilità a chiunque di modificare eventuali errori o fare aggiunte.
Per visualizzare queste presentazioni, dovete avere installato il software MDLChime;ho preparato un piccola pagina con informazioni su come installarlo, anche su browsers come Mozilla e su Linux, ed anche come fare per utilizzarlo su computer pubblici: qui
-Modello per presentazioni in Chime: Se volete provare a realizzare una presentazione in chime, ma non sapete niente di html, provate ad utilizzare questo modello. Una volta che avete scaricato il file .zip, estraetelo sul vostro computer, e si dovrebbe creare una cartella con 5 files dentro.
A questo punto aprite index.html (la pagina iniziale di un sito deve sempre chiamarsi index.html) e seguite le istruzioni; sarà sufficente premere con il pulsante destro su uno spazio bianco e selezionare il comando 'HTML' per capire tutto. Buona fortuna... (16/06/04)
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-Struttura di un tipico complesso Cdk/Ciclina: le modificazioni conformazionali provocate dal legame della ciclina A sulla Cdk2, che attivano il sito catalitico e lo espongono in superficie.
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-L'inibitore p27Kip1 legato al complesso ciclina A-Cdk2: Il ruolo del complesso ciclina A-Cdk2 è di permettere il passaggio dalla fase G1 alla fase S del ciclo cellulare; in presenza di segnali anti-proliferativi quali inibizione da contatto, scarsità di nutrienti, TGF-ß, danni al DNA il complesso è inattivato mediante il legame di inibitori.
Questa presentazione è stata realizzata da Paola Cognigni (adesso anche lei cittadina onoraria delle isole Tokelau) il 07/07/2004.
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-p19INK4: le interazioni tra l'inibitore p19INK4 e la ciclina Cdk6
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-GAL4: un altro fattore di trascrizione che contiene zinco.
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-Zif268, un esempio di proteina a dita di zinco: il prof. Capranico mi ha proposto di fare una piccola presentazione di una molecola in Chime (...wow!) ed io ho deciso di illustrare Zif268, un esempio di proteina con dominio a dita di zinco. Provate a vedere, e se avete bisogno di aiuto per capire come funziona Chime o Rasmol/Rastop, potete mandarmi una mail..
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- P870: Centro di Reazione di un batterio fototrofo purpureo: Il Reaction Center per la fotosintesi del batterio fototrofo purpureo non sulfureo Rhodobacter Sphaeroides; mi è sembrata una struttura abbastanza difficile e quindi ho voluto mettere a disposizione su questo sito una presentazione più semplice (NUOVO 10/04/2004 (il compleanno di mio padre!)); attenzione perchè il file è abbastanza grande (1 MB) e ci metterà un po' per caricare.
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- TATA Binding Protein (TBP): in costruzione (09/04/2004)
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- Animazioni divertenti delle molecole: quando programmate in Chime, dopo un po' vi vengono idee strane. Qui troverete delle molecole che 'ballano'.
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